Cependant, la mission d'observation dépêchée par l'Union africaine aura relevé plusieurs irrégularités : certains procès verbaux n‘ont pas été signés, absence des délégués des candidats de l'opposition dans certains bureaux de vote. Ou encore, la non sécurisation des urnes. Pourtant dans son rapport, elle mentionne que le scrutin est crédible.

Ce n'est pas uniquement à Djibouti, que l'Union africaine a adopté de telles positions jugées ambigües, voire partisanes. Les exemples en la matière sont légion. Quasiment après chacune de ses missions d'observation électorale, l'UA tient les mêmes discours, même lorsque des irrégularités sont notées.