رغم دعمها السخي للاجئين انتقدت العفو الدولية في تقريرها لسنة 2016 الحكومة الألمانية بسبب ما أسمته "تراجعا" في اهتمامها بحقوق الانسان في سياستها تجاههم، ورصدت المنظمة تزايدا في جرائم العنصرية ومعاداة الأجانب في ألمانيا.
رغم الاستقبال الحافل الذي قوبل به اللاجئون في ألمانيا، إلا أن الشرطة الألمانية رصدت تزايدا في عدد الهجمات التي تعرضت لها مراكز لإيواء اللاجئين، كما رصدت منظمة أمنستي تصاعدا للهجمات ضد الأجانب في ألمانيا. ومع تصاعد الخطاب العنصري وجهت شخصيات معروفة في ألمانيا من بينها شخضيات دينية وقيادات نقابية ورياضية نداء يدعو إلى الانفتاح ومناهضة التعصب والعنف والكراهية.