بكتيريا الأمعاء هي مجموعة كبيرة من كائنات حية بعضها نافع للإنسان كونها تساعد في تفكيك وهضم مواد غذائية مركبة كالسكريات، لكن هناك بعض الأنواع التي تسبب الإصابة بأمراض مثل السالمونيلا وغيرها.
تحتوي أمعاء الإنسان على أنواع مختلفة من البكتيريا. أغلب هذه الأنواع تكون في الأمعاء الغليظة، وأغلبها مفيد لصحة الإنسان، إذ تقوم هذه البكتيريا بعدة وظائف مثل إنتاج بعض الفيتامينات المفيدة للجسم مثل فيتامين (K) فضلا عن دورها في تحفيز الجهاز المناعي. علما أن تناول المضادات الحيوية من الممكن أن يؤثر سلبا على البكتيريا المعوية ما يتسبب في إضعاف قدرة الشخص على هضم الطعام.