محمد سرافراز در مصاحبه با مستند تلویزیونی "اتاق شیشه‌ای" گفته است که او مبارزه با فساد و رانت نهادهای حاکمیتی، از جمله سپاه را در این سازمان آغاز کرده بود. او به طور مشخص سازمان حفاظت از اطلاعات سپاه و حسین طائب را به مداخله در مزایده آگهی‌های بازرگانی رادیو و تلویزیون متهم کرده است.
محمد سرافراز گفته است به دلیل برنامه‌هایش برای روشنگری در مورد منابع مالی سازمان صدا و سیما تحت فشار قرار گرفته بود.
او طرح اتهام جاسوسی به شهرزاد میرقلی‌خان را در همین راستا خوانده و گفته است که با اطلاعات سپاه رو در رو شده است. سرافراز به طور مشخص در این مصاحبه می‌گوید سازمان حفاظت از اطلاعات سپاه برای منتقدان پرونده می‌سازد و آنها را جاسوس می‌خواند.
صادق زیباکلام، استاد دانشگاه در تهران معتقد است افشاگری‌های محمد سرافراز در این مصاحبه، ادامه دعوای جناح احمدی‌نژاد با اطلاعات سپاه پاسداران است که مسئول بازداشت اسفندیار رحیم‌مشایی و حمید بقایی هستند.
محمد سرافراز آبان سال ۱۳۹۳ از سوی رهبر جمهوری اسلامی رئیس صدا و سیما شد. او در آغاز مدیریتش با شعار "جوان‌گرایی و چابک‌سازی" دست به جابه‌جایی‌های گسترده در این سازمان عریض و طویل زد و شماری از چهره‌های نزدیک به مدیر پیشین این سازمان، محمد ضرغامی را کنار گذاشت.
تغییر مدیر صدا و سیما؛ درگیری توأمان مدیریتی و سیاسی
محمد سرافراز که از معتمدان بیت رهبر جمهوری اسلامی و از چهره‌های نزدیک به محمود احمدی‌نژاد به شمار می‌رفت، دو سال بعد استعفا کرد. پس از او علی عسگری از مدیران دوره ریاست محمد ضرغامی برصدا وسیما به ریاست این سازمان منصوب شد.
بازداشت بقایی و مشایی و طرح اتهام "پروندهسازی"
کشمکش نزدیکان احمدی‌نژاد با سازمان حفاظت از اطلاعات سپاه سابقه‌ای طولانی دارد. این نهاد امنیتی حمید بقایی، معاون رئیس جمهور پیشین ایران را متهم کرده است که مبلغ سه میلیون و ۷۶۶ هزار یورو از بودجه سپاه پاسداران "برای امور مربوط به کشورهای آفریقایی" اختلاس کرده است.
اسفندیار رحیم مشایی، مشاور محمود احمدی‌نژاد پس از بازداشت بقایی با انتشار ویدئویی مدعی شد که حسین طائب، رئیس سازمان اطلاعات سپاه درصدد گرفتن اعتراف از حمید بقایی علیه او در مورد جاسوسی است.
مشایی گفته بود که دو نهاد وزارت اطلاعات و اطلاعات سپاه از سال ۹۰ "پروژه پروندهسازی" برای او و نزدیکان محمود احمدی‌نژاد را آغاز کردند و مسئول آن هم حسین طائب است. محمود احمدی‌نژاد شهریور سال ۹۷ با انتشار یک پیام ویدئویی در کانال تلگرامی‌اش ضمن انتقاد شدید از برخورد قوه قضائیه با نزدیکان او، رئیس سازمان اطلاعات سپاه پاسداران را فردی بدون "تعادل" خوانده و گفته بود "کار او پروندهسازی است."
محمود احمدی‌نژاد علی‌رغم تمامی انتقادهای تندی که علیه نهادهای امنیتی زیر نظر آیت‌الله خامنه‌ای مطرح می‌‌کند همچنان در شمار دولتمردان مورد اعتماد حکومت است و به عنوان مثال پای ثابت جلسات مجمع تشخیص مصحلت نظام است. به نظر می‌رسد رابطه محمود احمدی‌نژاد با بیت رهبری همچنان رابطه‌ای نزدیک است.
صادق زیبا کلام معتقد است دعوای میان جناح احمدی‌نژاد و حفاظت از اطلاعات سپاه پاسداران دعوای خانوادگی، مانند "دعوای دو برادر" است. او به دویچه‌وله می‌گوید: «محمد سرافراز آنقدر مورد اعتماد بود که از سوی رهبر جمهوری به ریاست صدا و سیما منصوب شد و آنچه او مطرح کرده است کشمکشی خانوادگی است که در نهایت سودی برای روشنگری در منابع مالی صدا وسیما نخواهد داشت.»
زیباکلام در پاسخ به گمانه‌زنی‌های مطرح شده در مورد اینکه جناح محمود احمدی‌نژاد می‌خواهند محمد سرافراز کاندیدای ریاست‌جمهوری شود می‌گوید: «به نظر من آقای سرافراز هیچ شانسی برای ریاست‌جمهوری ندارد و از آن گذشته، برای شروع مبارزات انتخابات ریاست‌جمهوری سال ۱۴۰۰ هنوز خیلی زود است.»