Η υδροηλεκτρική ενέργεια ανήκει στις λεγόμενες «καθαρές» μορφές ενέργειας, καθώς δεν βασίζεται στην αξιοποίηση ορυκτών καυσίμων. Για πολλούς λόγους είναι ωστόσο μια αμφιλεγόμενη μορφή ανανεώσιμης ενέργειας.
Η κατασκευή υδροηλεκτρικών μονάδων ενέργειας προϋποθέτει σε αρκετές περιπτώσεις δραστικές παρεμβάσεις στο περιβάλλον λόγω της κατασκευής φραγμάτων. Παρόλα αυτά όμως η υδροηλεκτρική ενέργεια ανήκει στις εναλλακτικές ανανεώσιμες μορφές ενέργειας και μπορεί, υπό προϋποθέσεις, να χαρακτηριστεί "πράσινη".